fechaPagina(); exit; } $genopar= new Genopar(__FILE__); $genopar->abrePagina("Submeter Nova Montagem"); verGetPost(array("nomeMtg", "submit", "tipoArq")); echo $tipoArq."
"; if ( !($submit && $nomeMtg && ($tipoArq == "fasta" && $_FILES['fastaFile']['name']) || ($tipoArq == "gbZip" && $_FILES['gbZipFile']['name'])) ){ $genopar->abreForm(); echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo ""; echo "
"; echo "Nome da Montagem: "; echo ""; $genopar->input("nomeMtg", "text", $nomeMtg, "", 30, 30); echo "
"; $genopar->input("tipoArq", "radio", "fasta", "checked"); echo " Arquivo Montagem (Fasta): "; echo ""; $genopar->input("fastaFile", "file"); echo "
"; $genopar->input("tipoArq", "radio", "gbZip"); echo " Arquivos Anotação (GenBank): "; echo ""; $genopar->input("gbZipFile", "file"); echo "
"; $genopar->submit(); echo "
"; $genopar->fechaForm(); }elseif($tipoArq == "fasta"){ $db_name = $genopar->MySQL_Default_DBname; $genopar->abreBanco(); $n = $genopar->queryBanco("SELECT idMontagem FROM contig WHERE idMontagem='$nomeMtg'"); if ($n > 0) $genopar->error("Já existe uma montagem chamada $nomeMtg."); $genopar->fechaBanco(); $size = 1 << 20; // size = 2^20 = 1 MB; $size = $size * 10; // size = 5 MB; $path = "tmp/"; $genomaFasta = $path."/".$_FILES["fastaFile"]["name"]; $file = $genopar->upload($_FILES["fastaFile"], $path, $size); if ($file){ system("cd autoAnnot && perl autoAnnot.pl $db_name $nomeMtg $file"); } }else{ $db_name = $genopar->MySQL_Default_DBname; $outAnnotDir = "Fasta/$nomeMtg"; $outContigDir = "Fasta/$nomeMtg/Contigs"; $outOrfDir = "Fasta/$nomeMtg/ORFs"; $genopar->abreBanco(); $n = $genopar->queryBanco("SELECT idMontagem FROM contig WHERE idMontagem='$nomeMtg'"); if ($n > 0) $genopar->error("Já existe uma montagem chamada $nomeMtg."); $genopar->fechaBanco(); $zipFile = $_FILES['gbZipFile']['name']; $allowedMIME = array("application/x-compressed", "application/x-gtar", "application/x-zip-compressed", "application/zip", "application/gzip"); $size = 1 << 20; // size = 2^20 = 1 MB; $size = $size * 10; // size = 10 MB; $path = "tmp/"; $file = $genopar->upload($_FILES["gbZipFile"], $path, $size, $allowedMIME); $dir = dirname($file); // echo $file; if ($file){ $list = unzip($file); if (is_array($list)){ createTree($outAnnotDir); // createDB($genopar, $dbName, $updateInfoAnnot, $DB_HOST, $DB_USER, $DB_PASS); $outDir = array_shift($list); foreach ($list as $file){ $file = $outDir."/".$file; system("perl gbk2fna.pl $file $outContigDir"); system("perl addAnnot.pl $file $nomeMtg $outOrfDir"); } }elseif ($list === 1){ $genopar->error("O arquivo comprimido deve conter um diretório raiz."); } }else{ $genopar->error("Este tipo de arquivo não é permitido."); } $ctgs = count($list); echo "

Foram adicionados $ctgs contigs anotados para a montagem $nomeMtg

"; } $genopar->fechaPagina(); function unzip($zipFile){ $cmd = "tar -tf $zipFile"; $outDir = dirname($zipFile); $content= array(); exec($cmd, $content); if (preg_match("/\/$/", $content[0])){ // if (is_dir($outDir."/".$content[0])){ $random = time(); $rootDir = substr($content[0],0,-1); $outDir = $outDir."/".$rootDir.$random; mkdir($outDir); $content[0] = $outDir; // } $cmd = "cd $outDir && tar -xzf $zipFile"; exec($cmd); // array_unshift($content, ); return $content; }else{ return 1; } } function createTree($root){ mkdir($root); mkdir($root."/Contigs"); mkdir($root."/Contigs"."/n"); mkdir($root."/Contigs"."/p"); mkdir($root."/ORFs"); mkdir($root."/ORFs"."/n"); mkdir($root."/ORFs"."/p"); } $genopar->fechaPagina(); ?>