abrePagina("Autenticação de Usuário");
$getVar="?";
foreach ($_GET as $key => $value)
$getVar .= "&$key=$value";
$getVar = str_replace("?&", "?", $getVar);
$url=$_SERVER['PHP_SELF'].$getVar;
echo " Please, type your login and password:
";
$genopar->fechaPagina();
}
define('LVLMNG',1);
define('LVLDEV',2);
define('LVLNFN',3);
define('LVLGEN',4);
define('LVLNOB',5);
define('LVLADM',1);
define('LVLANT',2);
define('LVLPES',3);
define('LVLVIS',4);
$UserAuth_params= array("dsn" => "mysql://".$DB_USER.":".$DB_PASS."@$DB_HOST/".$DB_NAME,"table" => "users", "usernamecol" => "username", "passwordcol" => "password");
$UserAuth_username= $UserAuth_level= $UserAuth_group= $UserAuth_prefname= '';
$UserAuth= new Auth("DB", $UserAuth_params, "loginFunction");
$UserAuth->setIdle(300); # 5min
/*=============================================================================
================================================ Function doAuth
===============================================================================
== Função: Verifica Permissões de Acesso
=============================================================================*/
function doAuth ($ReqLevel=LVLMNG, $AllGroups=array('Admin'))
{
if (!in_array('Admin', $AllGroups)){
array_push($AllGroups, 'Admin');
}
global $UserAuth, $UserAuth_params, $UserAuth_username;
global $UserAuth_level, $UserAuth_group, $UserAuth_prefname;
$UserAuth->start();
$status=FALSE;
// print_r($UserAuth);
$genopar = new Genopar;
$genopar->abreBanco();
if ($UserAuth->getAuth())
{
if($UserAuth->username!='')
$UserAuth_username= $UserAuth->username;
elseif (isset($_SESSION['_authsession']['username']))
$UserAuth_username= $_SESSION['_authsession']['username'];
else
$UserAuth_username= 'Nobody';
$db= DB::connect($UserAuth_params['dsn']);
list($UserAuth_level, $UserAuth_group, $UserAuth_prefname) =
$db->getRow("SELECT users.level, users.group, users.prefname FROM users
WHERE username= '$UserAuth_username'");
if ($UserAuth_level != '' and $UserAuth_level <= $ReqLevel)
{
$values = array('UserAuth_username' => $UserAuth_username,
'UserAuth_level'=> $UserAuth_level,
'UserAuth_group' => $UserAuth_group,
'UserAuth_prefname' => $UserAuth_prefname);
setSession($values);
$status=TRUE;
}
else
{ $UserAuth->logout();
$db->disconnect();
$genopar->abrePagina("Access denied");
echo '
';
echo '
Sorry! You do not have permission to access this page.
';
$genopar->fechaPagina();
}
}
return($status);
}
function setSession($result)
{
global $UserAuth;
foreach($result as $c => $v)
{ $UserAuth->setAuthData($c,$v);}
}
function AuthLogout ()
{
require "config.php";
global $UserAuth;
$UserAuth->logout();
session_destroy();
HTTP::redirect($URL_PADRAO);
}
if (isset($_GET['DOlogout']) or isset($_POST['DOlogout']))
AuthLogout();
/*=============================================================================
================================================ CLASSE contaTempo
===============================================================================
== Função: Calcula o tempo de execução de um processo
para utilizar:
inserir na linha anterior ao codigo a ser medido
$var_classe = new execTime();
inserir após a ultima linha do codigo a ser medido
$var_classe->stop();
para saber o tempo, buscar da variavel "$var_classe->duracao"
=============================================================================*/
class contaTempo
{
var $inico;
var $fim;
var $duracao;
function contaTempo () { $this->start(); }
function start () { $this->inicio= $this->markTime(); }
function stop ()
{
$this->fim= $this->markTime();
$this->count();
}
function count ()
{
$this->duracao= number_format($this->fim - $this->inicio,4,',','.');
return $this->duracao;
}
function markTime ()
{
$mtime= explode(" ", microtime());
$msec= (double)$mtime[0];
$sec= (double)$mtime[1];
return ($sec + $msec);
}
}// Fim CLASSE contaTempo
/*=============================================================================
================================================ arrumaData
===============================================================================
== Função:
------------------------------------------------------------------------------
== Argumentos:
------------------------------------------------------------------------------
== Retornos: Data no Formato DD-MM-AAAA
=============================================================================*/
function arrumaData ($data, $mask= "AAAAMMDD")
{
if ($mask == "AAAAMMDD") return substr($data,6,2).'/'.substr($data,4,2).'/'.substr($data,0,4);
if ($mask == "AAAA-MM-DD") return substr($data,8,2).'/'.substr($data,5,2).'/'.substr($data,0,4);
}
/*=============================================================================
================================================ verGetPost
===============================================================================
== Função: Verificar variavel recebida via GET ou POST ou COOKIE
------------------------------------------------------------------------------
== Argumentos:
------------------------------------------------------------------------------
== Retornos:
=============================================================================*/
function verGetPost ($vars)
{
global $_POST;
global $_GET;
global $_COOKIE;
$var= "";
if (!is_array($vars))
$vars = array($vars);
foreach($vars as $var)
{
#echo " $vars $var";
if (isset($_POST[$var]))
{
global $$var;
$$var= addslashes(trim(strip_tags(decodeCampo($_POST[$var]))));
#echo " POST: $var";
}
elseif (isset($_GET[$var]))
{
global $$var;
$$var= addslashes(trim(strip_tags(decodeCampo($_GET[$var]))));
#echo " GET: $var";
}
elseif (isset($_COOKIE[$var]))
{
global $$var;
$$var= addslashes(trim(strip_tags(decodeCampo($_COOKIE[$var]))));
#echo " GET: $var";
}
}
}
function verCampos ($vars)
{
if (!is_array($vars))
$vars = array($vars);
foreach($vars as $key => $value)
{
$vars[$key]= addslashes(trim(strip_tags($value)));
}
}
function decodeCampo($str){
if (is_utf8($str))
return utf8_decode($str);
return $str;
}
function is_utf8($str) {
$c=0; $b=0;
$bits=0;
$len=strlen($str);
for($i=0; $i<$len; $i++){
$c=ord($str[$i]);
if($c > 128){
if(($c >= 254)) return false;
elseif($c >= 252) $bits=6;
elseif($c >= 248) $bits=5;
elseif($c >= 240) $bits=4;
elseif($c >= 224) $bits=3;
elseif($c >= 192) $bits=2;
else return false;
if(($i+$bits) > $len) return false;
while($bits > 1){
$i++;
$b=ord($str[$i]);
if($b < 128 || $b > 191) return false;
$bits--;
}
}
}
return true;
}
###############################################################################
/*
###############################################################################
CLASSE Genopar
Desenvolvida em: 15-Ago-2002 - Augusto Favetti
Ultima atualização: 07-Apr-2008 - Felipe Pisa
Função:
Acesso e pesquisa no banco de dados GENOMA
Manter o padrão nas páginas desenvolvidas
###############################################################################
TO DO:
###############################################################################
*/
class Genopar
{
//variaveis relativas ao Organismo e aos diretorios
var $org;
var $dir = array();
var $data_montagens; // data da ultima execução do phredPhrap
//variaveis diversas
var $url_padrao;
var $rede_seq;
var $basedir;
var $dir_padrao;
var $url_pagina;
var $url;
var $data_alteracao;
var $basename;
var $dirname;
var $proj_nome;
// variaveis para acesso ao MySQL
var $MySQL_DBusername;
var $MySQL_DBpassword;
var $MySQL_DBhost;
var $MySQL_DBdatabase;
var $link;
var $connected;
var $result;
var $last_query;
var $current_table;
var $Nrows;
var $Nfields;
var $fields;
/*=============================================================================
================================================ Genopar - Construtor
===============================================================================
== Função: Incicializa as variaveis padrao
------------------------------------------------------------------------------
== Argumentos:
------------------------------------------------------------------------------
== Retornos:
=============================================================================*/
function Genopar ($arquivo= __FILE__, $database="_nao-informado_")
{
require 'config.php';
global $_GET, $_POST;
$this->url_padrao= $URL_PADRAO;
$this->dir_padrao= $DIR_PADRAO;
$this->basedir= $BASEDIR;
$this->rede_seq= $REDE_SEQ;
$this->proj_nome = $PROJ_NOME;
$this->MySQL_DBhost= $DB_HOST;
$this->MySQL_DBusername= $DB_USER;
$this->MySQL_DBpassword= $DB_PASS;
$this->MySQL_Default_DBname = $DB_NAME;
if ($database != "_nao-informado_"){
$this->MySQL_DBdatabase= $database;
}else{
$this->MySQL_DBdatabase = $DB_NAME;
}
if (isset($_GET['db']) or isset($_POST['db']))
if ($_GET['db']=='teste' or $_POST['db']=='teste')
$this->MySQL_DBdatabase= 'teste';
$this->org= $PROJ_SIGLA;
$this->data_alteracao= date('d-M-Y', filemtime($arquivo));
$this->basename= basename($arquivo);
$this->dirname= dirname($arquivo)."/";
$this->url_pagina= $this->url_padrao.str_replace($this->dir_padrao, "", $this->dirname);
$this->url= $this->url_pagina.$this->basename;
return(TRUE);
}
/*=============================================================================
================================================ funcoes de retorno
===============================================================================
== Função: Retornam principais variaveis da classe
=============================================================================*/
function getNRows () { return ($this->Nrows); }
function getNFields () { return ($this->Nfields); }
function getResult () { return $this->result; }
function getRow () { return (mysql_fetch_row($this->result)); }
function getArray ($tipo = MYSQL_BOTH) { return (mysql_fetch_array($this->result, $tipo)); }
function getLastQuery () { return $this->last_query; }
function getUrlPadrao () { return $this->url_padrao; }
function getUrl () { return $this->url; }
/*=============================================================================
================================================ funcao criaLabDir
===============================================================================
== Função: cria os diretorios referentes ao laboratorio recem adicionado
== eh chamada em cadlab.php
-----------------------------------------
TO DO:
=============================================================================*/
function criaLabDir($idLab = "_nao-informado_"){
require 'config.php';
if ($idLab == "_nao-informado_"){
die ("Informe o laboratorio ao chamar a funcao criaLabDir.");
}
$diretorios = array();
$dirData = $BASEDIR."/data";
$sigla = $PROJ_SIGLA;
$dirAssembly = $dirData."/assembly/".$sigla;
$this->addLibDir($diretorios, $dirAssembly, $idLab);
$dirProcessed = $dirData."/processed/".$sigla;
$this->addLibDir($diretorios, $dirProcessed, $idLab);
$dirReceived = $dirData."/received/".$sigla;
$this->addLibDir($diretorios, $dirReceived, $idLab);
foreach($diretorios as $dir){
mkdir($dir);
chmod($dir, 0775);
}
}
function addLibDir(&$arrayDir, $baseDir, $idLab){
require 'config.php';
$sigla = $PROJ_SIGLA;
for($i=1; $i<=$NUM_LIBS; $i++)
if (strlen($i) == 1)
array_push($arrayDir, $baseDir."/".$sigla.'0'.$i."/".$idLab);
else
array_push($arrayDir, $baseDir."/".$sigla.$i."/".$idLab);
}
/*=============================================================================
================================================ abrePagina
================================================ fechaPagina
===============================================================================
== Função: Cria cabeçalho e cores de pagina padrao
== Função: Fecha conexao ao banco e tags html
------------------------------------------------------------------------------
== Argumentos: $titulo1 - Titulo da Janela - padrao "Nome da Rede"
$titulo2 - Titulo principal da Pagina - padrao "Nome do Projeto"
$titulo3 - Sub-Titulo da Pagina
------------------------------------------------------------------------------
== Retornos:
=============================================================================*/
function abrePagina ($titulo3= "_nao-informado_",
$titulo2= "_nao-informado_",
$titulo1= "_nao-informado_")
{
require 'config.php';
global $UserAuth;
global $NoLogPages, $UserAuth_username, $UserAuth_prefname, $UserAuth_group, $UserAuth_level;
$UserAuth->setShowLogin(FALSE);
doAuth(LVLNOB);
if (isset($_SESSION['_authsession'])){
$this->UserAuth_username = $_SESSION['_authsession']['data']['UserAuth_username'];
$this->UserAuth_prefname = $_SESSION['_authsession']['data']['UserAuth_prefname'];
$this->UserAuth_group = $_SESSION['_authsession']['data']['UserAuth_group'];
$this->UserAuth_level = $_SESSION['_authsession']['data']['UserAuth_level'];
}
echo '
';
if ($titulo1 == "_nao-informado_"){
$titulo1 = $REDE_SEQ;
}
if ($titulo2 == "_nao-informado_"){
$titulo2 = "$PROJ_NOME";
}
if ($titulo3 != "_nao-informado_")
{
echo "$titulo1 - $titulo2";
if (!preg_match("/^Projeto/",$titulo3))
echo " :: ".strip_tags($titulo3);
echo " ";
}
else
{
$titulo3="";
echo "$titulo1";
}
$this->showLayout($titulo1,$titulo2,$titulo3);
$this->conta_tempo= new contaTempo(); // inicia contagem de tempo
}
function showLayout ($titulo1,$titulo2,$titulo3)
{
echo '
'.$titulo1.' - '.$titulo2.'
';
$this->showDDM();
if ($this->UserAuth_prefname){
echo '
