Sequências muito próximas são fáceis de alinhar
A medida que as sequências divergem, a similaridade diminui e mais difícil se torna o alinhamento
Gaps devem ser introduzidos para otimizar o alinhamento
Nunca irá existir uma única possibilidade para o alinhamento e o melhor alinhamento nem sempre é óbvio, especialmente entre sequências com baixa similaridade