O PDB (Protein Data Bank), também mantido pelo EBI, é um dos principais recursos para obtenção de informações estruturais. Trata-se de um compêndio, contendo estruturas de proteínas que foram resolvidas experimentalmente (ZAHA, A.; FERREIRA, H. B.; PASSAGLIA, L. M. P. Biologia Molecular Básica. Artmed, 4a. ed, 403p, 2012).