Inicialmente o genoma é fragmentado de forma aleatória gerando fragmentos de diferentes tamanhos. Os fragmentos dentro de uma certa faixa, digamos 3.000 bases, são selecionados e clonados em um vetor próprio. Os fragmentos clonados são então seqüenciados de forma aleatória. Um número suficiente de fragmentos deve ser seqüenciado para garantir que todas as bases do genoma serão representadas e que todos os fragmentos possuam uma sobreposição parcial das seqüências. A montagem do genoma, usando a informação de sobreposição das leituras irá produzir diversos fragmentos do genoma, chamados contigs. Outras estratégias de seqüenciamento deverão ser usadas para completar a seqüência do genoma, unindo os contigs gerados.
Uma vez que a seqüência do genoma tenha sido determinada é feita sua anotação. A posição e produto dos genes são determinados, bem como de outros elementos presentes no DNA.